با استعانت از خداوند متعال، مهدي ضرغامي دیپلم را از دبیرستان سمپاد تبریز، كارشناسي مهندسي عمران را از دانشگاه صنعتي شريف در سال 1377، كارشناسي ارشد مهندسي سيستمهاي اقتصادي اجتماعي را از موسسه عالي آموزش و پژوهش مديريت و برنامه‌ريزي در سال 1380 و دكتري مهندسی عمران در گرايش مديريت منابع آب را در سال 1386 از دانشگاه صنعتي شريف اخذ نموده‌اند. وي با دانشگاههای Ariazona در توسان، Tufts بوستون و MIT در کمبریج آمریکا در زمینه تصمیم گیری، پویایی سیستمها و دیپلماسی آب همكاري پژوهشی داشته و دو دوره آموزشی را در دانشگاه هاروارد در زمینه سیاست گذاری آب و محیط زیست شرکت کردند. ایشان از سال 1386 تا سال 1401 هیات علمی دانشكده مهندسي عمران دانشگاه تبريز بوده و 1402 به دانشگاه تهران انتقال یافتند. ایشان در تاسيس پژوهشكده محیط زیست دانشگاه تبریز، سازمان مردم نهاد اتاق گفتمان آب آذربایجان و انجمن علمی دیپلماسی آب همكاری داشتند. در سال 1398 مسوول دبيرخانه شوراي عالي آب و مشاور معاون آب وزیر نیرو بودند. سپس با پژوهشکده انرژی، آب و محیط زیست و پژوهشکده سیاست گذاری دانشگاه صنعتی شریف همکاری پژوهشی داشتند. همچنین از سال 1400 الی 1402 مدیر کل دفتر اثربخشی بنیاد ملی نخبگان بودند. همچنین ایشان سردبیر مجله تحقیقات منابع آب ایران و معاون علمی دانشکده حکمرانی هستند.